Hallo Leute,
erst einmal: ja ich weiß, dies ist sehr speziell und interessiert hier nur sehr wenige im semi-professionellen Bereich.
Aber mich persönlich hat es wahnsinnig genervt, dass sich die MP4 Dateien meiner Hero 3 BE nicht mit Prelude CS6 loggen ließen und habe ewig nach einer Lösung gesucht und endlich gefunden!
Man braucht folgende zwei kleine Tools:
Das aktuelle FFmbc Tool von hier: https://code.google.com/p/ffmbc/downloads/list
Und das GUI-Frontend AWPro Client: http://www.hdcinematics.com/tools/AWProClient.html (wer will kann natürlich auch gerne mit der Kommandozeile arbeiten und selbst ein Batch Skript erstellen 
)
FFmbc entpacken nach "C:\Program Files\FFmbc" und AWPro installieren.
Der Rest sollte eigentlich selbsterklärend sein. In AWPro die Option "MP4 Rewraping" verwenden - damit wird das Video nämlich nicht zeitaufwendig transcodiert, sondern nur in einen anderen MP4 Container gepackt, den Prelude lesen kann 
Viel Spaß, ich hoffe ich konnte wenigstens einem hier damit helfen 
Grüße,
David