Günstig ist immer Relativ.
Ich hatte am MAC das gleiche Problem.
Man kann die Files mit Cineform in Side by Side als MOV-Datei ausgeben und dann mit iMovie weiterverarbeiten.
Für mich war das Endergebnis nicht ganz so Prickelnd.
Habe dann nach ein paar mal suchen im Netz Final Cut Pro X gekauft und nutze das dann in Verbindung mit dem
3D PlugIn Lite von Dashwood.
Mit Final Cut kannst Du die Dateien direkt von der GoPro verwenden und musst nicht erst den Weg über Cineform gehen.
Schau mal bei Youtube unter Noise Industries nach. Die vertreiben das Dashwood 3d PlugIn.
Kleines Beispiel von mir:
http://youtu.be/zmq7qcITa6U